ŠÚKL pri registrácii homeopatických liekov postupuje v súlade s nižšie citovanou legislatívou. Na homeopatické lieky sa vzťahujú okrem všeobecných ustanovení pojednávajúcich o liekoch aj špecifické časti Zákona o lieku, ktoré presne vymedzujú ako rozsah základných pojmov, tak aj špecifické registračné postupy a požiadavky na dokumentáciu, ktorú je v takomto prípade potrebné predložiť.
Okrem toho ŠÚKL odporúča pri zostavovaní dokumentácie a podávaní žiadostí rešpektovať pokyny vzťahujúce sa k špecifickým otázkam homeopatických liekov, tak ako ich vypracúvajú jednotlivé pracovné skupiny v rámci činnosti EÚ liekových agentúr (predovšetkým NtA a HMPWG). Pokyny sú uvedené v častiach Ostatné pokyny a požiadavky a Špecifické pokyny k dokumentácii.